Mokwena, qui succède à Aziz Ben Asker, occupait ces deux dernières années le poste d'entraineur du club sud-africain de Mamelodi Sundowns.

Avec Mamelodi Sundowns, il a remporté deux titres de championnat ainsi qu'une coupe d’Afrique du Sud.

Il a également décroché la 1ère édition de l'African Football League avec l'équipe sud-africaine, aux dépens du Wydad Casablanca.